Les bilans de génomique humaine

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La génomique structurale étudie l’architecture et l’évolution des génomes, son objectif est d’obtenir la séquence du génome. Le matériel d’étude est l’ADN qui peut être extrait à partir de prélèvements sanguins ou de sperme. La génomique fonctionnelle vise à déterminer la fonction et l’expression des gènes. Le matériel d’étude est l’ARN et les protéines qui doivent être extraits à partir de biopsies du tissu d’intérêt. La révolution génomique offre de nouvelles opportunités en médecine prédictive et préventive.

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La séquence complète des 3 milliards de paires de bases du génome humain a été publiée pour la première fois en 2001. En quinze ans, cette prouesse technologique et scientifique, qui avait nécessité 13 ans de travail et avait coûté plus de 3 milliards de dollars, a conduit à une révolution technologique qui fait qu’aujourd’hui, le séquençage complet du génome humain peut être réalisé en quelques heures pour un montant inférieur à CHF 1000.–. Cette évolution est si rapide qu’aujourd’hui déjà, il est parfois plus rentable de séquencer l’ensemble des 25 000 gènes du génome que d’analyser un nombre restreint de gènes, et de mettre un filtre pour exclure de l’analyse les gènes qui ne sont pas d’intérêt pour une question clinique particulière.

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L’affaire s’est médiatisée avec l’ablation des deux seins de l’actrice Angelina Jolie, porteuse du gène BRCA1 (une femme sur 300) qui apporte un risque de 70% de cancer du sein et 40% de cancer des ovaires ! Depuis, on a identifié une trentaine de gènes qui peuvent porter des prédispositions cancéreuses (PAL-B2, CHEK1, ATM …).

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NATURE ET GESTION DE L’INFORMATION

Pour identifier des variations dans la séquence d’ADN pouvant potentiellement être reliées à une affection médicale ou plus généralement à un risque, la séquence génomique d’un individu est d’abord comparée à une séquence « référence », qui permet d’y détecter les différences (ou variants) propres à chacun, puis à des bases de données comprenant des dizaines de milliers de variations génétiques qui ont été associées à des affections médicales (« ClinVar » et « ClinGen » sont deux exemples de telles bases de données, www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/docs/clingen). 

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Cette approche a eu deux applications :

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1/ Analyse de génétique constitutionnelle

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Le compte-rendu des résultats d’une analyse de génétique constitutionnelle a été normalisé entre les différents laboratoires afin de faciliter sa lecture. En plus des données concernant le patient, les indications de l’analyse et les techniques utilisées, il contient la description des variations génétiques identifiées ainsi que leur interprétation et la conclusion qui en découle.

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Une nomenclature internationale a été rédigée afin d’exprimer toutes les variations génétiques identifiées. Certaines de ces variations ne sont pas responsables de la pathologie, elles sont dites « non causales », elles peuvent même parfois être présentes chez plus de 1% des individus, elles sont alors dites « polymorphes ». D’autres ont été identifiées comme responsables de la pathologie, par exemple celles générant un codon STOP prématuré, elles sont dites « causales » ou « délétères ».

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Une classification des variations génétiques ou « variants » a été élaborée et sera précisée prochainement dans le compte-rendu de génétique constitutionnelle :
Variant de classe 5 : clairement délétère ou causal
Variant de classe 4 : probablement délétère
Variant de classe 3 : de signification inconnue
Variant de classe 2 : probablement non délétère
et Variant de classe 1 : non délétère ou neutre (polymorphe ou non).

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Quelques exemples de recherches cliniques réalisés par les Laboratoires Réunis (Luxembourg) :

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2/ L’évaluation des télomères 

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Vous avez peut-être déjà entendu parler des télomères et de la télomérase ? On doit cette découverte à trois chercheurs, qui ont décroché le prix Nobel de médecine en 2009. Les Dr Elizabeth BlackBurn, Carol Greider et Jack Szostak. Comme souvent, les journalistes s’emballent un peu… “Cette découverte pourrait être la clé de la jeunesse éternelle car elle est impliquée dans le vieillissement cellulaire”.

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A chaque fois qu’une cellule se divise, les bouts des chromosomes de cette cellule se raccourcissent : ce sont les télomères. Au bout d’un moment, ces télomères deviennent trop courts et font dégénérer la cellule. C’est comme ça qu’apparaissent de nombreuses maladies du vieillissement : athérosclérose, cancer, Alzheimer, Parkinson…

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Grâce aux travaux des trois prix Nobel, on sait maintenant qu’il est possible d’agir. Il existe une petite enzyme, la télomérase, qui est capable de régénérer les télomères, de les rallonger. Cette enzyme est surtout présente dans les cellules liées à la reproduction et à la croissance. En activant cette enzyme, on arrive à inverser le rétrécissement des télomères : et c’est comme ça que l’on pourrait ralentir – et même INVERSER le vieillissement. Aujourd’hui, les plus grands experts en médecine anti-âge pensent que l’on peut repousser de 10, 15 ou même 20 ans les limites du vieillissement !

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Sur tube EDTA 10 ml = Longueur des télomères (Lifelength®) Mesure de l’âge biologique 359,00 €

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L’évaluation de la longueur des télomères des leucocytes a pour le moment surtout eu comme application l’évaluation du devenir des patients en phase aiguë d’infactus du myocarde.